(1)纤维素：植物细胞的细胞壁中最主要的成分是纤维素。常用的显色方法为碘－硫酸法：取 1%的碘－碘化钾溶液滴加在材料上，冉加 1 滴 66.5%的硫酸，纤维素细胞壁与碘和硫酸作用而变成蓝色。在细胞中，纤维素的成分愈多和其他后来参加组成细胞壁的成分愈少，则蓝色愈明显；在次生壁中，纤维素已为木质素等覆盖，不变蓝色。
(2)木质素：木质素是以苯丙烷为结构单元通过醚键－碳键彼此连接成具有三维空间结构的高聚物。因为植物细胞壁上的木质都成复合的状态，木质素的显微化学方法虽然很多，但一般只能示知其存在的可能性而已。间苯三酚反应是植物显微化学中确定木质化的最常用和最简单方法：切片先用 1滴盐酸浸透，然后，滴上 1 滴 5%-10%的间苯三酚酒精溶液，木质化细胞壁可现出樱红色或紫红色（因颜色会慢慢褪去而不宜制作永久制片）。染色稍为稳固的方法为硫酸苯胺（或盐酸苯胺）法：在切片上滴上 1 滴硫酸苯胺试剂（硫酸苯胺1g, 蒸馏水 70mL,95%酒精 30mL, 硫酸 30mL), 木质化的细胞壁现出鲜黄色或姜黄色，可制成保持期稍久的永久制片。
(3) 栓质和角质：栓质和角质都是特种高分子饱和或不饱和脂胺酸的衍生物。用碘－硫酸或碘－氯化锌法染色，栓质和角质都可显黄色或浅褐色，但木质、半纤维素等成分也被染成同样的颜色。用苏丹Ⅲ或苏丹 IV)染色，栓质和角质呈现橘红色反应，不过这种反应也并非栓质和角质的特异性反应。
(4) 果胺质：果胺是构成高等植物细胞间质的主要物质，主要由 D 一半乳糖醛酸通过α-1,4-糖苷键连接。检测植物细胞中的果胺质常采用钌红染色法：切片用 0.02% 的钌红水溶液染色10min, 细胞壁中的果胺成分被染成红色。钌红染色时，细胞内的含氮化合物也会着色，但此方法仍不失为检测果胺的好方法，染色后的切片可以用加拿大树胶封固为永久制片。